熊本市から北東へ約20kmの阿蘇山の山麓にある。空港ビルは益城町にあるものの、滑走路のほとんどは菊池郡菊陽町にある。
空港周辺が霧の多い場所であるため、ILSカテゴリーIIIb(CATIII-b)で運用しており、(規定以下の横風・機体側の装備・操縦士の保持資格が整えば)自動着陸が可能である。
年間利用客数は、国内3,009,611人、国際45,826人(2013年度)[3]。福岡空港、鹿児島空港に次ぐ九州3位となっている。
国の一般会計からの繰り入れを考慮しない営業損益は、2011年度より黒字に転じた。
陸上自衛隊の高遊原分屯地を併設し、また民間機と滑走路を共用しているため、自衛隊機の発着も見ることができる(CH-47J(A)、OH-6D、UH-1などのヘリコプターが多い)。